De Widdonck betekent ‘veilige hoogte in waterrijk gebied’. Onze schoolnaam verwijst naar 1852, toen een aantal broeders vanuit Amsterdam naar Heibloem kwam om er de natuur te ontginnen. De broeders gingen ook zorgen voor de opvoeding van wezen en verwaarloosde jongeren in de buurt. Zo ontstond een internaat met later ook twee scholen.
Het internaat werd in 1954 opgeheven, maar twee jaar later werd op het huidige Widdonckterrein internaat Jongensdorp De Widdonck opgericht. Hier kwam ook de Widdonckschool bij, met leerlingen van het internaat en uit de regio.
Sinds eind 2021 zijn de 24-uurs behandelgroepen opgeheven.